Orígenes

El origen de esta población fue el avecindamiento de varias familias de ladinos en el paraje que hoy ocupa, a mediados del siglo XVIII. En 1770 era un villorrio tan sin importancia, que ni siquiera es citado por el arzobispo don Pedro Cortés y Larraz. En 1807, según el intendente don Antonio Gutiérrez y Ulloa, San Isidro era una aldea de ladinos, en el partido de Sensuntepeque, con 145 habitantes dedicados a los cultivos del índigo, maíz y otros frutos.   

Erección del Municipio

Según tradición, la aldea de San Isidro se erigió en pueblo poco antes de la emancipación política y ya figura como tal y como cantón electoral en la Ley de 18 de febrero de 1841. Perteneció al departamento de San Vicente desde 1824 (12 de junio) hasta 1873 (lO de febrero), fecha esta última en que ingresó en el departamento de Cabañas.

Titulo de Villa

Ejerciendo la primera magistratura el doctor Rafael Zaldívar y por Decreto Legislativo de 7 de febrero de 1879, se otorgó el título de villa al pueblo de San Isidro. En 1890 tenía 1,560 habitantes.