Orígenes

En 1770 existía en el curato de Ozicala una próspera hacienda denominada de San Juan, que a partir de 1786 perteneció al partido de San Miguel. En esa hacienda se formó una aldea o reducción que por 1811 se erigió en pueblo, con el nombre de San Juan Lempa. Este municipio quedo incorporado en el departamento de San Miguel al crearse éste el 12 de junio de 1824.   

Sucesos posteriores

Figura ya gozando de la categoría de pueblo en la Ley del 5 de marzo , de 1827,en virtud de la cual el partido de San Miguel se dividió en dos: el de San Miguel y el de Chinameca, quedando San Juan Lempa anexado como municipio del primero. Por Ley de 14 de julio de 1875 este pueblo se incorporó en el distrito de Chinameca. A principios del último cuarto del siglo pasado el pueblo de San Juan Lempa cambio su primitivo nombre por el de Nuevo Edén de San Juan, y al respecto el doctor Santiago Ignacio Barberena dice que "por decreto del año 1879, se le dió el nombre que hoy tiene". De éste ya gozaba en 1890, según don Guillermo Dawson, quien asigna a esta población 3,170 habitantes. Por Ley del 14 de marzo de 1892, el municipio de Nuevo Edén de San Juan se anexó al distrito de Sesori, creado en esa fecha.   

Hombres ilustres

En el paraje llamado Poza de la Juana, del valle del Iscanal, nació el 24 de septiembre de 1813 el capitán general don Gerardo Barrios, Héroe Nacional de El Salvador y Mártir de la Ceiba del Cementerio.   

Arqueología

En la hacienda de Corlantique existió el pueblo lenca prehispánico de igual denominación, que en 1550 tenía unos 100 habitantes y que se destruyó a fines del siglo XVI. . En 1807 esta hacienda, ubicada en el partido de San Miguel, pertenecía a don Lorenzo Gamboa, y aunque extraviada media legua del camino real, había un paso allí de canoas sobre el río Lempa. En 1843 dicha hacienda era propiedad del Presidente licenciado don Juan José Guzmán. En la cima de "Los Cucuruchos", a 4 kilómetros al Noroeste de Nuevo Edén de San Juan, hay vestigios arqueológicos