Orígenes

Según apunta el doctor Santiago Ignacio Barberena, el pueblo de San Rafael fue "fundado en 1880, en el paraje denominado El Tempiscal", que pertenecía a la jurisdicción de la ciudad de Chinameca. Se le dio tal nombre, según la tradición, en honor al doctor Rafael Zaldívar, a la sazón Presidente de la República, y se le agregó posteriormente el de Oriente, no sólo por estar situado en la zona oriental del país, sino también para diferenciar esta población de sus homónimas.   

Sucesos posteriores

En 1885 San Rafael, que aun no usaba el aditamento de Oriente, sufrió las consecuencias de un voraz incendio que destruyó las construcciones de madera y paja de la localidad. En 1890 tenía 2,170 habitantes. Cuatro cantones de su jurisdicción, los de San Francisco Pochote, El Coyol, Calle Nueva y Meangulo se segregaron de su jurisdicción, por Decreto Legislativo de 17 de junio de 1914, habiéndose constituido con ellos el municipio de El Tránsito.   

Título de Villa

Durante la administración del general Maximiliano Hernández Martínez y por Decreto Legislativo de 12 de abril de 1932, el pueblo de San Rafael fue elevado a la categoría de villa, con el nombre oficial de San Rafael Oriente, en atención a que había "adquirido notable incremento en su población como en el comercio, mejorando tanto en lo material como en lo moral". Desde su fundación es municipio del departamento de San Miguel.