Esta antigua población fue fundada por la tribu yaqui o pipil de los mazahuas, en el propio riñón de una comarca ocupada por tribus maya-chortis. En las antiguas crónicas españolas este pueblo es mencionado con el nombre de Atempa-Mazahua o Atlempa-Mazahua, toponímico que en idioma náhuat significa "los mazahuas situados en la boca de las aguas". En efecto, el vocablo Atempa o Atlempa proviene de at, atl, agua, río; ten, tlen (de tlentli), boca, labios, y pa, sufijo locativo, donde está situado algo. De tal suerte que dicho vocablo significa: "lugar en la boca de las aguas". En cuanto a Mazahua proviene de mazat, venado, y hua, el que tiene o posee algo. Los mazahuas eran ciertamente "los poseedores de venados". En efecto, criaban pequeños rebaños de ganados blancos (iztacmazat). Es interesante observar que del vocablo Atlempa proviene probablemente el nombre de nuestra mayor arteria fluvial: el nombre del río Lempa. At-Lempa o "río Lempa". Ya el oidor don Diego García de Palacio apunta en 1576 que del "desaguadero (de la laguna de Güija) se forma y hace el río Lempa, que es uno de los mayores de este distrito".

Época colonial

En 1550 el pueblo de Atempa-Mazahua tenía unos 225 habitantes. El citado oidor Palacio, en su carta de relación de 8 de marzo de 1576, hablando de la región del lago de Güija dice que "Es tierra aunque caliente, fértil, de mucha pesca y caza; hay algunos venados blancos, y no se sabe en estas provincias en otras partes do(nde) los haya". "Cuentan los naturales indios antiguos -dice en otra parte el oidor Palacio-- que solía haber en ella culebras de extraña grandeza, y que un cacique de un lugar que se llama Atempa-Mazahua topó una que según la demostración que hacía debía tener más que 50 pies. No lo tengo por cosa muy auténtica, porque nadie dice la ha visto sino este cacique, aunque es notorio por la fama antigua en toda aquella provincia" . En el repartimiento de pueblos de doctrina para la guardianía de San Salvador, hecha el 15 de octubre de 1577 por el Presidente de la Real Audiencia doctor Pedro de Villalobos y el Padre Provincial de la Orden de N.S.P. San Francisco fray Antonio de Tobar, figura el pueblo de Atempamazahua. De una crónica seráfica, suscrita el 8 de junio de 1689 por los frailes Francisco de Zuaza y Francisco Vásquez, son los siguientes párrafos: "El primero es el de Atempamasagua, el cual dista doce leguas del de Texistepeque, está situado en las riberas del río de Lempa cerca del desagüe de una muy profunda laguna (la de Güija) que cría mucho peje. grande y pequeño, aunque es corto el sitio por ser solamente cuarenta y siete las personas de confesión que tiene. Es muy ameno para árboles frutales, aunque para los maíces muy estéril, así porque lo más de sus tierras es montaña, como porque sus naturales son poco trabajadores en siembras, y así se mantienen con cortedad". En 1740, según el alcalde mayor de San Salvador don Manuel de Gálvez Corral, el pueblo de Atempamazahua tenía unos 24 indios tributarios o jefes de familia, es decir alrededor de 120 almas. Sus habitantes cultivaban maíz y algodón, y criaban gallinas. El arzobispo don Pedro Cortés y Larraz dice que en 1770 el pueblo de San Juan Atempam-Mazahua pertenecía a la parroquia de Texistepeque y que su población estaba representada por 80 personas repartidas en 15 familias. Ingresó en 1786 en el partido de Metapán El corregidor intendente don Antonio Gutiérrez y Ulloa apunta, en 1807, que es pueblo que "carece de industrias dedicándose (sus vecinos) sólo a las siembras de maíces y raíces farinosas".

Sucesos posteriores

 El 12 de junio de 1824, como pueblo del distrito de Metapán quedó incluido en el área geográfica del extenso departamento de San Salvador. Formó parte del departamento de Tejutla del 13 de mayo al 21 de octubre de 1833 y luego volvió a quedar incluido en el departamento de San Salvador, hasta que por Decreto Ejecutivo de 22 de mayo de 1835 se incorporó en el departamento de Sonsonate. El 8 de febrero de 1855 fue incluido el municipio de Mazahua en el área del departamento de Santa Ana, creado en esta fecha. Posteriormente se anexó este pueblo al distrito de Santa Ana, pero por Decreto Legislativo de 17 de febrero de 1858 se reincorporó en el distrito de Metapán en los ramos gubernativo, electoral y judicial. En un informe municipal de Mazahua, de 20 de agosto de 1858, aparece con una población de 603 habitantes alojados en 3 casas de teja y 15 de paja en el recinto del pueblo y otras muchas en las áreas rurales. En 1890 tenía 696 habitantes. En 1901 un copioso temporal puso a descubierto, a un kilómetro y medio de la población, un yacimiento de preciosas obras de cerámica antigua. Se cree que en este lugar estuvo el primitivo asiento de Mazahua.

Arqueología

El doctor Santiago Ignacio Barberena dice que "En la Poza del Fraile del río Lempa hay un peñasco, a orillas del río, en el cual está esculpida en bajo relieve una figura que parece representar un fraile, monumento arqueológico que aun no ha sido estudiado. También en el cantón de La Joya, al costado Sur del Aguacatillo, están figurados en un peñasco dos ídolos en forma humana".