Según el corregidor intendente don Antonio Gutiérrez y Ulloa, en 1807, la hacienda de Pajonal o de San Antonio Pajonal era propiedad del señor don Isidro Menéndez, tío paterno del que con los años llegó a ser el famoso presbítero y doctor del mismo nombre. En esta hacienda se formó un insignificante caserío en los comedios del siglo XIX, que con los años llegó a ser una próspera aldea de la jurisdicción de Santiago de la Frontera, distrito de Metapán, departamento de Santa Ana. A fines del pasado siglo esta aldea o cantón fue ocupada, en repetidas ocasiones, por tropas guatemaltecas invasoras y fue escenario de más de un hecho de armas. El alcalde municipal de Santiago de la Frontera don Mariano Menéndez, en informe municipal de 4 de octubre de 1906, "con la mayor sencillez del mundo consignó que hacía a la sazón como 4 años había asentado sus reales el Duende en el valle de San Antonio (Pajonal) y molestado a los vecinos de Cauchón durante cerca de seis meses", según refiere el doctor Santiago Ignacio Barberena. En 1910, según este mismo autor, San Antonio Pajonal comprendía el valle de su nombre y el caserío de La Piedrona. "La parte baja de este cantón -dice- se denomina comúnmente, Cauchón".

Erección del Municipio

Durante la administración del general Salvador Castaneda Castro y por Decreto Legislativo de 13 de noviembre de 1945, se erigió en pueblo el cantón de San Antonio Pajonal y se dio a sus autoridades jurisdicción sobre los cantones La Piedrona y El Tablón.